宇智波和森之千手是火之国木叶忍者村最强的两大氏族，扩大至忍界也是最顶尖的忍族。其中宇智波以擅长火遁和三大瞳术之一的写轮眼而闻名。

而这个闻名整个忍界的强大家族，在昨夜被灭族了！村子里流传的消息是天才宇智波鼬一人灭了宇智波，知晓真相的少数人守口如瓶。鼬独自背负了所有人命和骂名，为这几代人的恩怨画上了句号。

到底是什么让这样巨大的一个家族灭亡了呢？难道真的只是因为他们想叛变这么简单？

宁次认为深究起来，木叶本身的问题更大，高层的权力斗争导致了下层家族的动荡。宇智波一族灭亡的的预兆得从二代做的一系列事情说起。杀死斑的弟弟对斑的改变是巨大的，导致宇智波和千手和解后斑依然没能解开心结，而且在他认为火影的位置应该是由自己来坐的。然而大部分忍者家族都投票选择了千手柱间成为领袖，这让斑感到不满。斑本来就是疑心极重的人，当他听到杀了自己弟弟的扉间跟柱间商讨不能让宇智波一族掌权时，斑已经有了反叛的想法。族人的不支持使斑离开了木叶，再次归来时化身为毁灭木叶的敌人。

终结谷之战后扉间对宇智波的力量产生了恐惧，在千手扉间眼中，自己的哥哥太过心软，宇智波斑这个人从头到尾都不能信任，现在他毁灭木叶的行动已经证明了宇智波一族的强大力量和不可预料性。所以扉间开始明里暗里对宇智波一族进行打压，这种打压在他成为二代火影后到达了极致，他把宇智波一族赶到村子角落，让他们担任警务部队，这种明升暗降的手法大大激化了宇智波一族跟木叶高层之间的矛盾。

如果说在这之前还有一部分宇智波族人站在木叶这边，那么扉间对他们的不信任则把他们赶到了宇智波一族的立场。但是千手扉间太强大了，个人魅力也让木叶众多家族紧紧围绕在拉身边。他们需要一个强大的领袖，所以一直在等待。

多年过去，鼬的横空出世让宇智波一族认为机会已到。但他们没想到，鼬的天赋比他们想象的更高，心智更是成熟。经过反复斟酌，鼬站在了木叶一边，他的目的是让宇智波一族的叛变失败。即使如此，宇智波一族的叛变想法依然不至于导致他们被灭族，三代火影一贯主张和平解决问题，他想要通过谈话来安抚宇智波一族。三代的实力不弱，但内心太过软弱，这种软弱导致了团藏的崛起，甚至让他拥有了“根”，成为木叶的暗火影。恰好团藏继承了扉间人性中的心狠手辣。

团藏和其他的木叶高层感受到了来自宇智波一族的威胁，他们一致认为应该立刻动用武力。这时的猿飞宛如被架空的皇帝，他说什么已经没人听了，大家都想要自保。

于是鼬接到了最终命令——灭亡宇智波一族。

纵观整个事件，一开始其实只是个人恩怨，是斑和扉间之间关系恶化导致了宇智波一族和木叶之间有了问题，虽说扉间认为宇智波一族的大爱大恨才是问题根源，但如果没有扉间的刺激，宇智波一族也不会整齐划一地从大爱变成大恨。

猿飞和团藏也要为灭族事件负一部分责任，猿飞的责任是他太过仁厚，导致了团藏的篡权，团藏则过于激进，否定了猿飞跟宇智波一族谈话的意图。

最终决定这一切的，是一个站在木叶角度思考问题的宇智波族人，他背负着所有的人命和骂名离开木叶，为这几代人的恩怨画上了句号。（注）

宁次知道宇智波的灭亡是这一年，只是不知道具体时间。依稀记得是佐助像往常一样偷偷在放学后练习火遁·豪火球之术，不懈努力之下他终于成功了。于是他在夜色中狂奔向家想对家人分享自己的喜悦。然后就看到那满地的尸体和家里倒在血泊中的父母亲，就在他担心哥哥时……满是仇恨的看着鼬消失在血月中，昏倒前开启了写轮眼也不自知。